Сюжет сериала развивается нелинейно. То и дело воспоминания главных героев фильма переносят их в прошлое.
По замыслу Геннадия Сидорова, «Апостол» должен был стать историей «о человеке, чью жизнь бессмысленно давят и калечат бесчувственные жернова тупой власти». Отсняв 60 процентов материала, режиссёр ушёл со скандалом. По требованию Сидорова его имя убрали из титров. Вместо него в титрах стоит вымышленное имя Иван Иванов. После ухода Сидорова (с января 2007 г.) над сериалом работал Николай Лебедев. Его имени (по его собственной просьбе, в связи с договоренностью с Г.Сидоровым) также нет в титрах. Затем к съемкам подключился Юрий Мороз. Последние два с половиной месяца съемок (с середины апреля 2007 г. по конец июня) Лебедев и Мороз провели параллельно.

Факты

    Съёмки сериала проходили в Серпуховском районе Московской области, Москве, Тунисе, в городе Кириллов, в Кирилло-Белозерском монастыре, где снимались сцены в диверсионной школе абвера, Праге
    Актрису Дарью Мороз для съёмок побрили наголо
    В сериале звучат песни: «Катюша» М. А. Блантера, «В землянке» К. Я. Листова
    Находясь на охоте, Истомин вспоминает собственное детство и свою поездку на охоту с отцом. При этом на экране возникает сцена, запечатлевшая сидящих спиной к зрителю троих охотников - эта сцена является зеркальным отражением знаменитой картины Василия Григорьевича Перова «Охотники на привале».