022 Заново рождённый
В Буффало (штат Нью-Йорк), детектив полиции Шэрон Лазард находит на аллее девочку, Мишель Бишоп. Она, похоже, потерялась. Лазард забирает девочку в полицейский участок и оставляет, чтобы её допросил другой детектив — Рудольф Барбола. Однако, чуть позже Барбола разбивается, будучи выброшенным из окна.

Лазард подключает Малдера и Скалли. Она рассказывает им, что Мишель утверждает, будто на Барболу напал человек, хотя девочка была единственным человеком в комнате в момент убийства детектива. У агентов есть компьютерный фоторобот предполагаемого нападавшего, составленный со слов Мишель. Компьютер внезапно сам формирует лицо человека, которого Мишель описала, как присутствовавшего в комнате. Лицо на фотороботе похоже на лицо детектива Чарли Морриса, умершего 9-ю годами ранее, предположительно, в результате заказного убийства. Агенты разговаривают с психотерапевтом Мишель, доктором Браун, которая рассказывает им, что обыкновенно во время их занятий девочка уродует кукол одним и тем же образом — всякий раз отрывает им одни и те же глаз и руку. Малдер понимает, что эти повреждения схожи с обстоятельствами смерти детектива Морриса.

Агенты допрашивают напарника Барболы, Тони Фиоре, который списывает смерть Морриса на разборки триад, которые они расследовали вместе. Позже тем же днем Фиоре встречается с Леоном Фелдером, они обсуждают способы изъятия большой суммы денег из депозитной ячейки, хотя ещё и не выждали 10 лет, как первоначально намеревались. Из разговора выясняется, что Фиоре, Фелдер и Барбола сами убили Морриса, когда тот пригрозил разоблачить их в воровстве денег преступников во время полицейской облавы. После разговора с Фиоре, вечером Фелдер выходит из автобуса, но его шарф застревает в двери, а автобус начинает движение. Водитель пытается затормозить, но машина необъяснимым образом продолжает набирать скорость, удушая Фелдера. За его смертью из салона автобуса наблюдает Мишель.

Дальнейшее расследование Малдера и Скалли выявляет, что Фиоре, Барбола, Фелдер и Моррис в прошлом работали вместе. Агенты также обнаруживают, что жена Фиоре, Анита, в прошлом была женой Чарли Морриса и до сих хранит его коллекцию фигурок оригами, которые очень похожи на те, что Малдер и Скалли видели в доме Мишель. Анита рассказывает Малдеру и Скалли, что Фиоре не вернулся домой прошлой ночью. Кроме того, агенты обнаруживают пропажу документов из дела о смерти Морриса, а Фиоре оказывается последним, кто проверял это дело.

Мишель подвергается сеансу регрессивного гипноза на котором она утверждает, что ей 24 года. Внезапно она начинает кричать будто кто-то пытается убить её, и сеанс заканчивается. Малдер пересматривает запись сеанса и убеждается, что девочка является реинкарнацией Морриса. На пленке есть коротенький кусок со статическими помехами, прямо перед тем, как Мишель начала кричать, который Малдер попросил экспертов очистить. В помехах содержится зернистое изображение человека в атмосферном водолазном костюме. Тем временем Скалли находит недостающую информацию по убийству Морриса — данные вскрытия, которые показывают наличие соленой воды в его дыхательных путях и доказывают, что он захлебнулся. Агенты понимают, что Моррис был утоплен в аквариуме с рыбками, который установлен в доме Фиоре, так как человек в атмосферном водолазном костюме из помех — это декоративная фигурка водолаза из того аквариума.

Фиоре возвращается домой с сумкой, полной денег, и поспешно собирается, чтобы уехать. Мишель, забравшаяся в дом ранее, готовится убить его, используя телекинез. Фиоре уговаривает девочку пощадить его, разговаривая с ней как со своим старым напарником, но Мишель силой мысли кидает ему в глаз острую кочергу. Малдер и Скалли врываются в дом и также пытаются отговорить Мишель от совершения убийства, в то время как Фиоре признаётся наконец Аните, что он, Барбола и Фелдер убили Морриса. В итоге, Мишель поддаётся лишь на уговоры Аниты, которая просит не убивать Фиоре но разбивает аквариум, где был утоплен Моррис. Позже, закадровый голос Малдера повествует, что Фиоре признал себя виновным в покушении на убийство и воровстве, тогда как Мишель стала нормальной маленькой девочкой.

024 Колба Эрленмейера
В Ардисе (Мэриленд) в районе порта разворачивается полицейская погоня. Водитель машины — доктор Уильям Секарэ. Хотя его подстрелили, Секарэ прыгает в воду, а полиция находит лишь следы зелёной крови на месте, где его ранили.

Вскоре после этого, «Глубокая глотка» (Джерри Хардин) делится делом Секарэ с агентом Малдером (Дэвид Духовны), утверждая, что этот случай имеет важнейшее значение для того, чтобы открыть правду. Расследуя дело, Малдер и Скалли (Джиллиан Андерсон) посещают доктора Терренса Беруб, ученого, работающего в Гейтерсбурге (Мэриленд) — его машина была использована в инциденте с Секарэ. Той же ночью «Глубокая глотка» встречается с Малдером во второй раз и настаивает на том, чтобы Фокс продолжил расследование этого дела, хотя Малдер не понимает, что же он должен отыскать.

Той же ночью доктор Беруб натыкается на Чистильщика, который убивает Терренса и обставляет все, как самоубийство. Во время расследования на месте происшествия, Малдер находит колбу Эрленмейера с этикеткой «Чистый образец», которую отдает Скалли. Она относит колбу в Джорджтаунский университет, где встречается с доктором Энн Карпентер, та проводит исследование содержимого колбы. Тем временем Малдер спешит на квартиру Беруба и обнаруживает там ключи от какого-то склада. Доктор Секарэ звонит в офис Беруба, на звонок отвечает Малдер, прикинувшийся Берубом. Секарэ рассказывает ему о секретном правительственном проекте, о котором Малдер хочет заявить публично. В это время Чистильщик прослушивает разговор. Во время звонка с Секарэ что-то происходит. Очевидец вызывает неотложку. Когда парамедики вводят декомпрессионную иглу, из тела Секарэ вырывается ядовитый газ. Сам Секарэ встает и убегает из машины скорой помощи.

Малдер добирается до хранилища и обнаруживает там пять баков, в которые помещены люди, шестой бак пуст. Доктор Карпентер обнаруживает, что колба с этикеткой «Чистый образец» содержит образцы бактерии, которая в природе не встречается и может быть описана не иначе, как внеземная. Как только Малдер покидает хранилище, его начинают преследовать, однако ему удается сбежать. На следующий день агенты возвращаются к зданию вдвоем, однако помещение оказывается пустым. Встреча с «Глубокой глоткой» приоткрывает завесу: Беруб ставил эксперименты над людьми с применением внеземного вируса. 6 смертельно больных волонтёров стали подопытными и полностью излечились. Когда открылось, что все добровольцы будут уничтожены, Беруб помог Секарэ сбежать.

Скалли возвращается в университет Джорджтауна и обнаруживает, что доктор Карпентер и вся её семья погибли в автомобильной аварии. Малдер снова приходит в дом Беруба, обнаруживает там на чердаке Секарэ и пытается убедить того пойти с ним, однако Чистильщик убивает Секарэ. Малдер теряет сознание от газа, появившегося из раны Секарэ, и оказывается схвачен. «Глубокая глотка» находит Скалли у двери квартиры Малдера и говорит, что мог бы договориться с людьми, которые его схватили. Он дает Скалли удостоверение, необходимое для того, чтобы попасть на особо охраняемый объект в Форте Марлен, где Скалли находит хранящийся в жидком азоте эмбрион пришельца. Дана встречается на мосту с «Глубокой глоткой», но он не позволяет ей самой вести переговоры. «Глубокая глотка» передает эмбрион Чистильщику лишь для того, чтобы через секунду быть застреленным. Малдера выпускают из фургона Чистильщика. Скалли наклоняется к «Глубокой глотке», который произносит свои последние слова: «Не доверяй никому».

Несколькими неделями позже подавленный Малдер звонит Скалли, чтобы проинформировать — «Секретные материалы» прикрыты. Тем не менее, в сцене, повторяющей конец пилотной серии «Курильщик» помещает эмбрион пришельца в огромное хранилище Пентагона.

026 Хозяин
На русском транспортном судне, пришвартованном у побережья Нью-Джерси моряк, пытаясь починить гальюн, проваливается в очистную систему. Его наполовину обглоданное тело находят в канализационном коллекторе Ньюарка несколькими днями позже. Агент Малдер (Дэвид Духовны), отправленный на расследование этого дела, навещает в Ньарке детектива Нормана, который показывает Фоксу все еще неопознанный труп. Малдер ругается с Заместителем директора Уолтером Скиннером по поводу этого дела, поскольку воспринимает его как наказание за предыдущие поступки. Той же ночью Малдер разговаривает с бывшей напарницей — Даной Скалли (Джиллиан Андерсон), сообщая ей, что подумывает уйти из ФБР. Он не поддерживает ее предложение оформить перевод в Квантико, поскольку уверен, что в ФБР не хотят, чтобы они работали вместе. Скалли предлагает провести аутопсию тела моряка, обнаруживая тату на его руке и ленточного червя в полости тела.

В Ньюарке рабочий едва не утонул в подземной канализации, но напарник сумел его спасти. Пострадавший уверен, что был атакован питоном. Он принимает решение обратиться к врачу (под наблюдением Малдера) и жалуется на странный вкус во рту. На его спине обнаружились четыре огромных раны. Скалли показывает Малдеру червя, обнаруженного ей в теле погибшего, чей рот, хотя и меньшего размера, совпадает с расположением ран на спине Крейга. Малдер получает звонок от неизвестного человека, который утверждает, что является «другом из ФБР». Той же ночью в душе Крейг выкашливает червя и умирает. Малдер посещает очистные сооружения и обнаруживает там огромного гуманоида с присоской ленточного червя вместо рта.

В Квантико кто-то подсовывает Скалли под дверь газетную заметку, которая позволяет установит личность погибшего — русского моряка. Малдер и Скалли встречаются на очистных сооружениях, осматривая странного червеподобного человека. Скиннер хочет отловить создание и подвергнуть его психиатрической экспертизе, которая, по мнению Малдера, будет сильно затруднена. Скиннер сообщает Малдеру о смерти Крейга и признает, что это будет дело из «Секретных материалов», которые вновь считаются открытыми.

Той же ночью рабочие помещают человека-червя в грузовик федерального маршала, но он убивает водителя и сбегает в районе палаточного лагеря. Мутант прячется в мобильном туалете, а на следующий день оказывается в ассенизаторской цистерне. Малдер получает еще один телефонный звонок от таинственного «знакомца». Когда он спрашивает об это Скалли, та отвергает свою причастность. Человек-червяк снова попадает на очистные сооружения. Скалли уверена, что червь, которого она обнаружила в теле погибшего моряка — это личинка, отложенная для воспроизводства. Во время поисков причины переполнения стоковых коллекторов мутант утаскивает под воду одного из сотрудников очистного комбината. Малдер спасает его, перекрыв канализационные решетки, и, похоже, убивает человека-червя — разрубает того пополам. Скалли подводит итоги своего исследования: она приходит к выводу, что создание попало к берегам США на российском грузовом судне из Чернобыля, где появилось в радиоактивных сточных водах. Где-то в канализационных тоннелях человек-червяк открывает глаза…

028 Бессонный
На Манхэттене доктор Соул Гриссом обнаруживает за своей дверью пожар. По прибытии пожарная команда не обнаруживает никакого ущерба от огня, зато находит доктора Гриссома мёртвым. С утренней газетой Малдер (Дэвид Духовны) получает магнитофонную кассету, на которой записан звонок доктора Гриссома, заметкой об учёном, погибшем в несуществующем пожаре. Малдер приносит материалы заместителю директора ФБР Уолтеру Скиннеру, но молодой агент Алекс Крайчек первым открывает папку с делом. Малдер звонит бывшей напарнице — Дане Скалли (Джиллиан Андерсон) и просит её провести вскрытие тела доктора Гриссома. Агент отправляется в Стэмфорд в центр доктора Гриссона по изучению расстройств сна, по дороге он ругается с Крайчеком, раздражённым тем, что Малдер вставляет ему палки в колёса. Оба напарника отправляются в Квантико, чтобы встретиться со Скалли, которая утверждает, что на теле доктора Гриссома не обнаружено ни одного ожога, но похоже, что тело поверило, будто горело.

В Бруклинской квартире, Генри Уиллинга, ветерана Вьетнама, навещает его приятель со времён службы в морской пехоте — Августус Коул. Внезапно появляется группа раненных вьетнамцев, которые стреляют и убивают Уиллинга. Осматривая его тело, Малдер и Крайчек обнаруживают шрам на шее убитого. Это свидетельствует о том, что погибший ветеран проходил службу в спецвойсках во Вьетнаме в 1970 году и является одним из двух выживших. Вторым является Августус Коул. Агенты отправляются в медицинский центр в Нью-Джерси, где содержится Коул, но обнаруживают, что его отпустили, хотя его доктор не помнит, чтобы делал это.

Малдер получает таинственный телефонный звонок от некоего «Икса», встречается с ним и получает от него информацию о секретном военном проекте, которым занимался доктор Гриссом: он искоренял потребность солдат во сне с помощью лоботомии. Одним из побочных эффектов оказалась необъяснимая агрессивность. Теперь человек по имени «Проповедник», сам являвшийся членом отряда морских пехотинцев, постепенно убивает бывших сослуживцев, внушая им галлюцинации и заставляя поверить в их собственную смерть. «Икс» также сообщает агенту ФБР имя ещё одного члена подопытной группы, Сальваторе Матола, который ошибочно был включён в число убитых в ходе операции. Мужчина, подпадающий под описание Коула, ограбил аптечный магазин, а команда спецназовцев, прибывшая на его задержание, перестреляла друг друга. Малдер приходит к выводу, что за годы без сна, Коул приобрёл телекинетические способности. Вскоре после этого Малдер и Крайчек встречаются с Матолой, который рассказывает, что из-за поставленных экспериментов не спал уже 24 года. Он также рассказывает, что в эксперименте принимал участие ещё один ученый — доктор Джирарди.

Малдер и Крайчек отправляются на станцию метро, куда по их сведениям должен прибыть для участия в похоронах Гриссома доктор Джирарди. Малдер замечает на станции Коула, а тот стреляет в Джирарди, но всё это происходит только в воображении Малдера. В реальности, Коул хватает доктора Джирарди и, удерживая его в заложниках, наводит на него те же мороки, что и на прежних своих жертв. Агенты выслеживают местонахождение Коула и находят доктора Джирарди сильно израненным. Малдер находит Коула, который близок к самоубийству. Крайчек думает, что у Коула в руках пистолет, а не Библия, которую тот на самом деле держит, и стреляет в Августуса. Малдер и Дана Скалли обнаруживают, что все материалы по этому делу пропали. Крайчек отчитывается перед «Курильщиком» и другими о проделанной работе и заявляет, что Скалли является большей проблемой, чем они предполагали.

030 Восхождение
После прослушивания голосового сообщения, из которого становится ясно, что Скалли (Джиллиан Андерсон) похитил Дуэйн Бэрри, её напарник, Малдер (Дэвид Духовны), торопится на место похищения, чтобы изучить улики. Он встречается с Маргарет, матерью Даны, которая рассказывает, что накануне видела сон, в котором Скалли похищают. На следующий день заместитель директора ФБР Уолтер Скиннер, сообщает Малдеру, что тот слишком сильно вляпался и поручает другому агенту, Алексу Крайчеку, сопроводить Фокса до дома. Тем временем Бэрри несется по виргинскому шоссе БлюРидж, где его останавливает полицейский патруль. Когда Скалли, запертая в багажнике машины, пытается привлечь внимание полицейского к себе, Бэрри убивает патрульного. Малдер видит запись с камер слежения и понимает, что Скалли все ещё жива.

Малдер понимает, что Бэрри направляется на лыжный курорт на горе Скайлэнд, месте первого похищения Бэрри, который следует своему первоначальному плану — передать пришельцам кого-то иного вместо себя. Крайчек сообщает Курильщику эту информацию и получает от него задание помешать Малдеру. Когда они прибывают на место, Малдер садится на фуникулер в попытке достигнуть вершины раньше Бэрри, но Крайчек пытается прикончить Малдера. Убив смотрителя, он останавливает механизм и пытается сбросить вниз агента Малдера, который вылез на крышу вагона. Добравшись до верха, Малдер замечает чёрный вертолет, кружащий в окрестностях. Обнаружив машину Бэрри, он не находит никаких следов Скалли, кроме её ожерелья. Тут Фокс сталкивается с радостным Дуэйном, который сообщает, что «они» её забрали.

На допросе Бэрри Малдер приходит в бешенство и пытается задушить виновного, но вовремя берет себя в руки. Выходя из комнаты, он приказывает Крайчеку никого не впускать внутрь, а вернувшись, видит как Крайчек беседует с Дуэйном. Минутой позже, по прибытии Скиннера, Бэрри начинает биться в конвульсиях и умирает. Позже, в академии ФБР в Квантико Малдер пытается задать вопросы доктору, проводившему вскрытие тела Бэрри, но та отказывается поделиться деталями, так как аутопсия проводилась военными, а не ФБР. Малдеру и Крайчеку приказано пройти тест на полиграфе по вопросу смерти Бэрри.

Крайчек встречается с Курильщиком и предлагает тому убить Малдера. Однако Курильщик против, он считает, что агента нужно оставить в живых — чтобы «не превратить веру одиночки во всеобщий крестовый поход». В отчаянии, Малдер пытается навестить сенатора Мэтсона, своего покровителя, но его секретный информатор, «мистер Икс», отговаривает его от этого. Малдер, находясь в машине Крайчека, находит в ней окурки сигарет Morley, которые оставил Курильщик. Осознав роль похищения Скалли, он пишет доклад Скиннеру, сумев доказать причастность Крайчека к заговору Курильщика. Скиннер вызывает Крайчека в свой офис, но выясняется, что агент исчез. Скиннер официально объявляет «Секретные материалы» вновь открытыми.

Малдер встречается с Маргарет Скалли в парке и пытается отдать ей ожерелье дочери. Но Маргарет возвращает ему украшения с просьбой вернуть Дане, когда он её найдет. Маргарет также рассказывает, что снова видела сон о потере дочери, а Малдер принимает его за хороший знак — Скалли может быть ещё жива. Угрюмый Малдер возвращается на гору в место похищения Скалли. Оставшись без неё в одиночестве, он смотрит на звезды

032 Один вздох.
Маргарет Скалли, мама Даны (Джиллиан Андерсон), рассказывает Малдеру (Дэвид Духовны) историю о том, как в детстве Скалли вместе с братом застрелила змею, а после сожалела об этом. Она признает, что уже готова отпустить Дану и показывает Малдеру надгробный камень, приготовленный для Скалли. Однако Фокс отказывается верить в смерть напарницы.

Тем временем таинственным образом Скалли обнаруживается в больнице, в коме. Малдер вне себя и требует сообщить, как она туда попала. Его выдворяют из госпиталя под охраной, но позже он успокаивается и встречается с доктором Дэли, который сообщает, что никто не может выяснить что не так с этой молодой женщиной. Он сообщает Малдеру и миссис Скалли, что у Даны есть прижизненно составленное пожелание, согласно которому её должны отключить от аппаратов в случае ухудшения её состояния до определённых критериев. Рядом с кроватью Скалли Малдер встречает её старшую сестру Мелиссу. Между тем у Скалли видение — будто она сидит в лодке, привязанной верёвкой к доку, где стоят Малдер и Мелисса, а за ними — сестра Оуэнс. Скалли навещает Фрохики и похищает её медицинскую карту, которую «Одинокий стрелок» впоследствии изучает. Байерс обнаруживает, что кровь Даны содержит многошлейфовые ДНК, которые могут быть использованы для идентификации, но сейчас находятся в состоянии покоя. И ничего другого, кроме откравленных продуктов распада в её организме.

Загадочная сестра Оуэнс навещает Скалли и пытается достучаться до её сознания, пребывающего в коме. Позже Малдер посещает Дану в то время, как другая медсестра берет у неё анализы крови. Внезапно загадочный мужчина похищает колбу с образцом крови Скалли и пытается сбежать. Малдер догоняет его на парковке, где сталкивается с мистером Х, который требует, чтобы Фокс прекратил пытаться выяснить, что же произошло со Скалли, и позволил ей умереть. После он убивает похитившего кровь человека. Когда помощник директора ФБР Уолтер Скиннер (Митч Пилегги) вызывает Малдера к себе в офис из-за инцидента, Малдер отрицает всякое своё участие в этом и утверждает, что «Курильщик» находится в ответе за то, что произошло с его напарницей. Малдер жаждет знать, где его найти, но Скиннер отказывается сообщить Фоксу эту информацию.

В другом видении Скалли лежит на столе, а её посещает больной отец. Малдер сидит с Мелиссой в кафетерии больницы, когда женщина просит его помочь со сдачей из машины по продаже сигарет. Когда она говорит, что пачка «Морли» уже там и уходит, Малдер открывает сигаретную упаковку и находит в ней адрес «Курильщика». Малдер врывается в дом «Курильщика», берет его на мушку и требует объяснить почему Скалли забрали вместо него. «Курильщик» утверждает, что оба агента ФБР нравятся ему, вот почему Скалли вернули. И ещё «Курильщик» говорит Малдеру, что тот никогда не узнает правды, если убьёт его, так что Фокс убирает оружие.

Малдер возвращается в штаб-квартиру ФБР и набирает заявление об увольнении, которое вручает Скиннеру. Пока Малдер пакует вещи, Скинер приходит к нему в кабинет и отговаривает его уходить, рассказывая историю из своей жизни (будучи во Вьетнаме, Скинер получил ранение и ненадолго покидал своё тело). Скиннер отказывается принять заявление Малдера об отставке, а Малдер понимает, что он Уолтер — один из тех, кто передал Фоксу адрес «Курильщика». Направляясь к паркингу, Малдер встречает мистера Х, который рассказывает ему, что ночью у него будет шанс отомстить, когда человек, по его мнению, имеющий информацию о Скалли, появится в квартире Малдера в назначенное время. Малдер ждёт в засаде, когда к нему домой приходит Мелисса. Хотя первоначально он отказывается уходить, Мелиссе удаётся уговорить Малдера повидать Скалли. По возвращении домой Малдер обнаруживает квартиру разгромленной, он садится на пол и плачет.

На следующий день Скалли приходит в себя. Малдера вызывают в больницу, там он возвращает напарнице её нательный крестик, а та сообщает ему, что слышала его голос, пока была в коме. Скалли говорит ему, что не помнит ничего после того, как была похищена Дуэйном Бэрри. Позже Скалли просит одну из медсестёр позвать сестру Оуэнс, так как хочет поблагодарить её. Однако ей сообщают, что никакой медсестры по имени Оуэнс в больнице не работает.

034 Красный музей
Агенты Фокс Малдер (Дэвид Духовны) и Дана Скалли (Джиллиан Андерсон) вызваны для того, чтобы расследовать несколько похищений в городке Дельта Грин (Висконсин), где похищенные подростки впоследствии были обнаружены полураздетыми с надписью «Он избран» или «Она избрана» на спине. После встречи с шерифом Мазероски агенты первоначально подозревают расположившихся неподалеку представителей религиозного культа «Церковь Красного музея», основанного вегeтарианцем Ричардом Одином. Малдер, Скалли и Мазероски посещают церемонию в Церкви Красного музея, которая убеждает Малдера в том, что последователи культа — одержимы, их души были забраны кем-то из их тел. Одна из похищенных жертв утверждает, что чувствовала, как в него входил дух животного.

Подружка сына шерифа стала последней, кого похитили, а затем — нашли. Вещество, найденое в ее крови, связывает ее с Одином, которого в 1986 году исключили из Американской медицинской ассоциации. Малдер и Скалли допрашивают его. После допроса они встречают старика, он показывает им пару человек, которые делают коровам инъекции сыворотки роста — именно она, по убеждению старика, является корнем всех проблем в их округе. Той же ночью местный доктор Джейсон Ларсон погиб в авиакатастрофе. При изучении остатков самолета всплывают погрузочные ордера, которые снова выводят следствие к похищенным подросткам. Один из тех, кто делал коровам прививки убит Человеком-с-короткой-стрижкой (в последний раз этот персонаж появлялся в эпизоде «Колба Эрленмейера»). Другой, любитель подсматривать по имени Джерд Томас, признан похитителем после того, как агенты обнаруживают в доме одной их жертв похищения оборудование для съемок скрытой камерой. Томас утверждает, что доктор Ларсон превращал детей в монстров с помощью наркотиков, инъекции которых делал им.

Тем временем, сын шерифа оказывается убит Человеком-с-короткой-стрижкой. Встретившись с ним на улице, Скалли узнает в нем наемника, убившего бывшего информатора Малдера, о чем и рассказывает последнему. По результатам токсикологической экспертизы анализов крови, Скалли обнаруживает в организме потерпевшего те же вещества, что были обнаружены в «колбе». Малдер уверен, что доктор Ларсон вводил детям ДНК пришельцев. Агент убеждает шерифа собрать в одном месте всех детей, которых лечил доктор Ларсон и спрятать их в Церкви Красного музея. Сам Малдер выслеживает Человека-с-короткой-стрижкой на скотобойне, где тот едва не сжигает до тла все здание. Хотя Малдер пытается взять наемника живым, разъяренный шериф убивает его в качестве мести за смерть своего сына.

Скалли выясняет, что Человек-с-короткой-стрижкой не значится в базе данных ФБР или Национальном управлении архивов и документации. Генетический материал, который был привит коровам и похищенным подросткам, содержит неизвестную субстанцию. Все дети, которым была сделана вакцинация неизвестным препаратом, заболели чем-то, похожим на грипп, а те, что были членами секты — нет. Это наводит Скалли на мысль, что последние были контрольной группой в исследовании.

036 Обри
В городке Обри штата Миссури детектив БиДжей Морроу рассказывает лейтенанту Брайану Тиллману, с которым у неё интрижка, о своей беременности. Он просит её встретиться с ним тем же вечером в мотеле. Подходя к мотелю, БиДжи испытывает видение, которое приводит её на поле, где женщина выкапывает останки человека. Агенты Фокс Малдер (Дэвид Духовны) и Дана Скалли (Джиллиан Андерсон) отправляются в Обри, чтобы заняться расследованием этого дела. Останки принадлежат агенту ФБР Сэму Чейни, расследовавшему с напарником Сэмом Лэдбеттером три убийства в Обри в 1942 году. Оба агента впоследствии исчезли. Агенты находят в рассказе БиДжей нестыковки, но Тиллман защищает её версию. Малдер пересказывает Скалли материалы дела, которое некогда расследовали пропавшие агенты: три женщины были изнасилованы и убиты, на груди у каждой было вырезано бритвой слово «Сестра». При вскрытии на теле Чейни обнаруживаются схожие раны, из которых при помощи компьютерной программы складывается слово «Брат». БиДжей признается Скалли в своём романе и беременности.

Тиллман сообщает, что было совершено новое убийство, в котором у женщины на груди снова вырезано слово «Сестра». БиДжей утверждает, что видела жертву во сне. Она рассказывает агентам про свои видения, где присутствуют мужчина в ярости и некий памятник, который Малдер опознает как Трилон и Перисферу со Всемирной выставки 1939 года в Нью-Йорке. Разглядывая старые архивные фото, БиДжей опознаёт человека из ее снов, как Гарри Коукли, арестованного за изнасилование женщины по имени Линда Тибедо и вырезание слова «Сестра» на ее груди. Скалли считает, что БиДжей неосознанно воспроизвела старое дело, ведь её отец был полицейским и, возможно, говорил о Коукли дома. Агенты навещают престарелого Коукли, который давно освободился из тюрьмы. Коукли ведёт отшельнический образ жизни и при этом настолько ослаб, что практически не может существовать без кислородогенератора. Коукли настаивает, что находился дома во время совершения преступлений. Когда Малдер показывает ему фотографию молодого Чейни, Коукли едва заметно нервничает.

БиДжей просыпается от ночного кошмара, на ее окровавленной груди вырезано слово «Сестра». Она видит в зеркале молодого Коукли. Женщина спускается в подвал и вкрывает доски настила, где обнаруживается тело агента Ледбеттера. Коукли берут под стражу, но он отрицает, что нападал на Морроу. Скалли говорит, что кровь на последней жертве совпадает с группой крови Коукли. Агенты разыскивают Линду Тибедо, которая рассказывает им о своём изнасиловании в 1940-х. Малдер обращает внимание на фото, где Линда запечатлена на Всемирной выставке 1939 года на фоне Трилона и Перисферы. Женщина рассказывает, что после изнасилования у нее родился ребенок, которого она отдала на усыновление. Агенты отслеживают историю ребенка и выясняют, что им является отец БиДжей. Это наталкивает Малдера на мысль, что убийцей является БиДжей под воздействием своей генетической памяти.

Агенты отправляются, чтобы перехватить БиДжей, когда она нападает на Тибедо, но внезапно останавливается, едва видит шрамы со словом «Сестра» на груди пожилой женщины. Агенты обнаруживают Тибедо после того, как от неё ушла БиДжей, и отправляются к дому Коукли, будучи уверенными, что именно он является её следующей жертвой. Морроу уже на месте и незаметно перерезает респиратор Коукли бритвой, после чего атакует старика. По прибытии агентов, БиДжей кидается на Малдера, но агрессия прекращается, как только Коукли умирает. БиДжей помещают в тюрьму Шэмрона для душевнобольных, где она, будучи беременной, несмотря на свои неудачные попытки спровоцировать выкидыш, начинает отбывать заключение

038 Длань Наказующая
В Нью-Гемпширской средней школе группа инициативных учителей встречается, чтобы обсудить проведение различных социальных мероприятий. Присутствующие на встрече взрослые сначала занимают консервативную позицию, сомневаясь стоит ли школьникам делать постановки мьюзиклов «Бриолин» или «Иисус Христос — суперзвезда». Однако, когда встреча заканчивается общей молитвой, вслух все зачитывают сатанинские песнопения.

Позже ночью, группа учащихся отправляется в лес, чтобы заняться черной магией. Эксперимент приводит к тому, что начинают происходить необъяснимые вещи, вроде вырывающегося из земли огня или кишащих на месте ритуала крыс. На следующий день одного из ребят находят мертвым, его тело обезображено. На место преступления вызывают агентов ФБР Фокса Малдера (Дэвид Духовны) и Дану Скалли (Джиллиан Андерсон). Местные утверждают, что дети своими ритуалами выпустили на волю демонические силы. Эта теория подпитывается странными происшествиями, такими, как падающие с неба лягушки и водой в питьевом фонтанчике, которая сливается необычным образом.

Обнаруживается, что неизвестная агентам учительница на замену миссис Пэддок хранит в своем столе глаза и сердце жертвы. Джим Осбери подозревает одного из своих коллег в том, что это он убил мальчика, но остальные верят, что это была некая внешняя сила. Падчерица Осбери Шэннон страдает на уроке естествознания во время препарирования зародыша свиньи. На встрече с Малдером и Скалли девочка говорит, что когда мать уходила, ее отчим проводил в их доме оккультные ритуалы, включавшие изнасилование и оплодотворение ее и ее младшей сестры, а также приношение в жертву детей, которые от этого акта родились. Она утверждает, что ее сестра в конечном счёте сама стала одной из принесенных в жертву. Мать Шеннон отрицает, что девочка когда-либо была беременна и говорит, что младшая дочь скончалась в возрасте 8 недель.

Когда Шэннон остается в школе после занятий, чтобы доделать лабораторную по препарации свиньи, миссис Пэддок берет ее браслет, а затем использует его как часть заклинания, приводящего к тому, что Шэннон перерезает себе вены. Когда Осбери узнаёт от остальных, что они планируют обвинить во всем его падчерицу, он решает сознаться Малдеру. Он подтверждает воспоминания Шэннон о ритуалах, но отрицает сексуальные домогательства, говоря, что ее подчищенная память заполнила пустоты сенсациями из телевизора. Он также говорит, что члены секты проводили одни ритуалы и игнорировали другие при общем молчаливом одобрении. Тем временем Скалли изучает преподавателей и, в частности, миссис Пэддок, и обнаруживает, что никто не знает о том, кто она и кто ее нанял. Миссис Пэддок крадет ручку Скалли во время отключения света. Малдер приковывает Осбери в подвале, когда Пэддок имитирует звонок Малдеру от имени Скалли, а когда агент уходит, в помещение проникает гигантская змея, которая съедает Осбери.

Малдер приезжает в школу, где его встречает Скалли, утверждающая, что не вызывала Малдера. Три оставшихся в живых члена секты убеждены, что им необходимо принести жертву, поэтому они хватают агентов. Когда они уже близки к тому, чтобы убить Малдера и Скалли, миссис Пэддок заставляет сектантов убить самих себя. Малдер и Скалли освобождаются от своих пут и обнаруживают, что миссис Пэддок пропала, оставив им сообщение «Пока. Было приятно с вами поработать» на классной доске