Количество сезонов
11
Количество серий
218
001 Пилотная серия
Специальный агент Скалли, доктор и преподаватель Академии ФБР в Вирджинии, получает инструкции от своего шефа из Вашингтона. Он поручает Скалли работу в неофициальном проекте «Секретные материалы» — архиве таинственных, нерешённых дел ФБР, связанных с паранормальными явлениями. Скалли проинструктирована, чтобы войти в доверие к Фоксу Малдеру, агенту, занимающемуся расследованием дел из «Секретных материалов». Малдер проявляет специфический интерес к ряду таинственных случаев, происходящих по всей территории США, но связанных одним общим признаком: две странных красных отметки на коже жертв. Малдер и Скалли летят в Белфлур, штат Орегон, расследовать смерть Кэрен Свенсон, ученицы средней школы, которая загадочно умерла, и чей труп отмечен двумя красным точками.
Агенты эксгумируют труп Рэя Сомеса, одного из одноклассников Карен, однако, когда гроб открыли, то обнаружили в нём странный труп гуманоида. Рентген показал неопознанный металлический объект, внедренный в носовую пазуху существа. Малдер и Скалли заинтересовались Билли Майлсом и Пэгги О’Делл (одноклассники Свенсон и Сомеса), которые попали в автомобильную катастрофу и с тех пор находятся в больнице. Майлс парализован и не может ни двигаться, ни говорить, а О’Делл прикована к инвалидному креслу. В присутствии Скалли и Малдера О’Делл внезапно охватывает истерика, и в это время обнаруживаются две красных отметки у неё на спине.
Во время поиска места, где погибла Кэрен Свенсон, полицейский детектив сообщает агентам, что заказал им комнату в мотеле. Они отправляются туда, но по дороге их ослепляет странный свет с неба. Свет приводит к отключению всех систем автомобиля. Когда свет исчез, Малдер посмотрел на часы и понял, что 9 минут из их жизни пропали неизвестно куда. Находясь в мотеле, Малдер рассказывает Скалли, что причина его интереса к «Секретным материалам» происходит из его детства, когда его восьмилетняя сестра была похищена из спальни, в то время когда он спал. Малдер говорит, что он не помнил ничего из этого, пока не воспользовался регрессивным гипнозом.
Агенты получают анонимный звонок, в котором сообщается, что Пэгги О’Делл была убита, когда бежала по шоссе. При исследовании инцидента агенты узнают, что результаты вскрытия трупа были уничтожены. Они возвращаются в мотель и обнаруживают, что переносной компьютер Скалли и все собранные улики сгорели в пожаре. Агенты выяснили, что звонила Тереза Немман, дочь доктора, который первым выполнял вскрытия трупов жертв. Она признает, что также имеет красные отметины на коже, и рассказывает, как яркий свет внезапно появился в небе вечером, когда она веселилась в лесу с друзьями: Билли Майлсом и Пэгги О’Делл. Малдер выдвигает гипотезу, что Билли Майлс находится под управлением нечеловеческой силы. Агенты возвращаются в лес, надеясь собрать доказательства. Шериф Майлс пытается остановить их, он и Малдер становятся свидетелями того, как Билли несёт Терезу к месту, где были найдены другие тела. Яркий свет освещает Билли, и сильный вихрь кружит вокруг него. Моментом позже свет исчезает и ветер утихает, Билли стоит над Терезой, и не знает, где он находится и как он сюда попал. Отметины с его кожи исчезают.
После возвращения в Вашингтон Скалли сдаёт отчёт по делу. К удивлению её начальства, металлический объект, извлеченный из трупа, не был уничтожен вместе со всеми другими доказательствами. Скалли хранила его при себе и представила это как единственное оставшееся свидетельство случившегося. Металлический объект был принят «Курильщиком», и помещён в огромное подземное хранилище в Пентагоне.