Энистон принимала участие в радио-шоу Говарда Стерна в конце 1980-х и начале 1990-х. Она переехала в Голливуд и в 1990 году получила свою первую телевизионную роль в сериале «Molloy», а также роль в телевизионном фильме «Лагерь Кукамонга». Кроме того, она снималась в сериалах «Ferris Bueller» (1990), «The Edge» (1992) и «Muddling Through» (1994), а также появлялась в качестве приглашённой актрисы в телесериалах «Квантовый скачок», «Голова Германа» и «Закон Бёрка». После череды отмененных сериалов, а также своего появления в подвергнутом критике фильме ужасов «Лепрекон», Энистон серьёзно задумывалась о завершении карьеры актрисы. Однако планы Энистон изменились, когда она пришла на кастинг сериала «Друзья», который стартовал на NBC в 1994 году. Продюсеры шоу изначально хотели взять на роль Рэйчел Грин актрису Кортни Кокс, но Кортни сказала, что видит себя в роли Моники Геллер. После появления Дженифер на съемочной площадке всем стало ясно, что она идеально подходит на роль Рэйчел Грин. Этого персонажа она играла на протяжении всего сериала с 1994 по 2004 годы. Сериал стал очень успешным, и Энистон, наряду с остальными ведущими актёрами, получила известность среди телезрителей. Её прическу копировали женщины всего мира. В последних двух сезонах «Друзей» Дженнифер получала зарплату в один миллион долларов за серию. За участие в этом шоу актриса была пять раз номинированна на «Эмми» (и победила один раз) в номинации «Лучшая женская роль в комедийном сериале». В 2003 году, за роль Рэйчел Грин, Энистон была награждена премией «Золотой глобус».
В перерывах между съёмками «Друзей», Энистон снималась в различных фильмах. Первой её заметной работой стала второстепенная роль в независимой комедии «Только она — единственная», в которой также снялась Камерон Диас. В 1997 Дженнифер сыграла свою первую главную роль в большом кино — в романтической комедии «Портрет совершенства». Фильм получил смешанные рецензии от критиков, однако игра Энистон в нём была оценена положительно. В это же время, Дженнифер снялась в фильмах «Ускользающий идеал» с Сарой Джессикой Паркер, «Тонкая розовая линия» и «Офисное пространство» (получивший позднее культовый статус), также, она озвучила главную героиню мультфильма «Стальной гигант». В 1998 актриса сыграла женщину, влюбленную в гомосексуала, в трагикомедии «Объект моего восхищения», а в 2002 исполнила роль непривлекательной кассирши из супермаркета в независимой драме «Хорошая девочка». Работы Энистон в этих фильмах получили признание у кинокритиков и доказали, что она может играть более серьёзные роли.
Также успешным фильмом с участием актрисы стала фантастическая комедия «Брюс всемогущий», в которой она сыграла роль подруги главного героя Джима Керри. В 2004 она снялась с Беном Стиллером в комедии «А вот и Полли». В конце 2005 года Энистон появилась в главных ролях в фильмах «Цена измены» и «Ходят слухи», которые имели неплохие кассовые сборы, принеся более 30 миллионов долларов каждый. В 2006 в ограниченный прокат вышла малобюджетная картина «Положись на друзей» в котором главные роли помимо Энистон также сыграли Кэтрин Кинер, Джоан Кьюсак и Фрэнсис МакДорманд. Следующий фильм с участием Энистон «Развод по-американски» был прохладно встречен критиками, однако собрал свыше 100 миллионов долларов в прокате США. Также, в 2006 Энистон срежиссировала короткометражку «Room 10» с Робин Райт Пенн и Крисом Кристофферсоном. По словам актрисы, её вдохновил режиссёрский опыт Гвинет Пэлтроу.
5 декабря 2008 в прокат вышла комедия «Марли и я», где партнёром Дженнифер Энистон стал Оуэн Уилсон. Её мировые сборы составили $242,717,113. Следующим фильмом Энистон стала романтическая комедия «Обещать — не значит жениться». В первый уик-энд картина собрала $27.5 млн и заняла первое место в чарте. Несмотря на то, что рецензии на фильм были смешанные, работа Энистон, а также её партнёров по фильму Бена Аффлека, Дженнифер Коннелли, Скарлетт Йоханссон и Дрю Бэрримор, была оценена положительно.

На премьере «Несносных боссов» в Лондоне (июль 2011)
В марте 2010 состоялась премьера фильма «Охотник за головами» с участием Дженнифер и Джерарда Батлера. Картина была в пух и прах разругана критиками, однако собрала в прокате свыше 130 млн долларов. Следующий фильм Энистон, комедийная мелодрама «Больше, чем друг» провалилась в прокате и получила смешанные отзывы, однако, была оценена выше «Охотника за головами».
11 февраля 2011 была выпущена романтическая комедия «Притворись моей женой». По сюжету этого фильма, успешный пластический хирург (Адам Сэндлер) просит свою секретаршу (Энистон) притвориться его женой, чтобы он смог доказать свою честность своей подружке (Бруклин Декер).
Летом 2011 года вышла комедия «Несносные боссы» с Дженнифер Энистон, Джейсоном Бейтманом, Колином Фарреллом, Кевином Спейси и Джейми Фоксом. По сюжету фильма, трое друзей решают убить своих начальников-тиранов. Дженнифер играет роль сексуально озабоченной женщины-дантиста, которая домогается одного из главных героев (Чарли Дэй). На октябрь этого же года намечена премьера комедии «Страсть к перемене мест». Режиссёром фильма выступил Дэвид Уэйн, а продюсером Джадд Апатоу. В этом фильме, Дженнифер и Пол Радд играют супругов, которые потеряв всё сбережения, решают присоединиться к деревенской коммуне, решив, что городская жизнь не для них.
22 февраля 2012 года Дженнифер получила звезду на Голливудской «Аллее славы»[1][2].